Quá trình thành lập: Viện Pasteur Hà Nội là một trong bốn Viện Pasteur của Đông Dương là:
- Viện Pasteur Sài Gòn, có năm 1891 với bác sĩ Calmette;
- Viện Pasteur Nha Trang, xây dựng năm 1895 với bác sĩ Yersin;
- Viện Pasteur Hà Nội, thành lập năm 1925.
- Viện Pasteur Đà Lạt, ra đòi năm 1925 cùng với Viện Pasteur Hà Nội, người cùng phụ trách cả hai viện là bác sĩ Noel Bernard.
Viện Pasteur Sài Gòn có trước nhất: chính Pasteur có ý kiến xây dựng ở Đông Dương một cơ quan nghiên cứu về vi trùng học ở thuộc địa theo mẫu Viện Pasteur Paris. Viện Pasteur Paris thành lập năm trước 1888 thì năm sau nêu ra ý kiến trên. Năm 1891, Viện Pasteur Sài Gòn xây xong và bắt đầu hoạt động; bác sĩ Calmette sang làm giám đốc. Calmette và Rouk là hai bác sĩ cộng tác trực tiếp và lâu năm vói Pasteur. Viện chú ý nghiên cứu hai bệnh đậu mùa và chó dại.
Sau đó lần lượt xây dựng thêm các Viện Pasteur khác ở Nha Trang (chuyên nghiên cứu các bệnh của gia súc), Hà Nội (chế tạo vắcxin đậu mùa và chó dại), Đà Lạt (do ở đây khí hậu mát, chế tạo vắcxin cô đặc).
Nhiệm vụ chung của các Viện Pasteur ở Đông Dương là chuyên về vi trùng học và chế tạo vắcxin (lỵ, thương hàn, bệnh do ký sinh trùng, vắcxin chó dại, đậu mùa). Bác sĩ Calmette tìm ra vắcxin BCG phòng lao; một nhiệm vụ nữa là hóa học thực phẩm: gạo và bệnh phù, nước mắm, sữa, đồ hộp, nước giải khát.
Bác sĩ Yersin đóng góp nhiều thành tích cho nền y học Đông Dương cùng Calmette nghiên cứu độc tố bạch hầu và bệnh lao. Ông phát hiện ra cao nguyên Lang Biang và Đà Lạt. Có bệnh dịch hạch ở Hương Cảng (trong mấy tuần năm 1896 số người chết lên đến 60.000), ông sang đấy tìm ra vi khuẩn bệnh dịch hạch. Paul Doumer giao cho ông thành lập Trường Y Hà Nội (1896). Ông còn là người có sáng kiến trồng cây cao su (hévéa) và cây canhkina ở Đông Dương.
Viện Pasteur Hà Nội chiếm một khu vực khá rộng, hình sáu cạnh không đều. Khu đất này nằm ở phía đông phố Lò Đúc dưới gần bệnh viện Đồn Thủy trên khu đất thuộc thôn Yên Hội.
Cổng chính Viện Pasteur quay ra phía bắc, trước mặt là vườn Pasteur; vườn hoa là một khu đất hình chữ nhật; trong vườn có trồng cây lớn và có tượng bán thân bằng đồng của Pasteur.
Viện Pasteur Hà Nội gồm nhiều khu nhà:
- Một ngôi nhà lớn ở giữa: phòng giấy làm việc chiếm cả hai tầng.
- Hai dãy nhà có các phòng làm việc chuyên môn ở phía sau: chỗ nuôi súc vật thí nghiệm và nuôi cấy vắcxin.
- Nhà ở của giám đốc Viện và của quản đốc phòng thí nghiệm.
- Nhà phụ thuộc: nhà để xe, nhà để thức ăn cho súc vật, nhà người bảo vệ.
