Sau những lần bị phá, dấu tích chùa có khi chỉ là am nhỏ dựng bằng tre nứa hoặc bằng gạch vữa sơ sài. Đến năm 2006, chùa được trùng tu lớn, gần như xây dựng mới và hoàn thiện như hiện tại vào năm 2016, đổi tên thành tu viện Khánh An. Công trình lớn nhất là khu chánh điện được xây dựng uy nghiêm với bốn tầng bằng vật liệu chủ yếu là gỗ và đá. Tu viện Khánh An mang phong cách của Phật giáo Bắc Tông, đậm nét kiến trúc Á đông. Lối lên chánh điện là những bậc thang bằng đá với hoa văn trạm trổ hình hoa sen.
Tu viện mang phong cách Nhật Bản ở Sài Gòn
Chánh điện của chùa được mang tên Phật đường tỉnh thức với kết cấu chủ đạo làm bằng gỗ, là nơi tụng kinh lễ bái, tọa thiền của các chư tăng phật tử. Theo trụ trì chùa, khi xây dựng mới, nhà chùa trở về với trạng thái nguyên sơ, không trang trí các linh vật như rồng phụng bởi đây thuộc về văn hoá cung đình. Tu viện có nhiều nét kiến trúc tựa như những ngôi chùa Nhật Bản. Nổi bật là khu nhà tăng và khách đường với kết cấu bằng gỗ hoặc sơn màu giả gỗ cùng đường sắc thái màu đỏ đặc trưng của xứ mặt trời mọc.
Về sắc màu, chùa có có ba gam màu chủ đạo là màu nâu của gỗ; màu trắng của vôi và màu vàng - màu của những hoa văn tượng trưng cho chất liệu đồng. Khu nhà tăng và khách đường nổi bật với màu đỏ rực, lồng đèn treo khắp nơi cùng khoảng sân rộng rãi. Trên nóc của nhà tăng và khách đường là tòa tháp với màu đỏ và mái ngói ít hình rồng phượng. Điểm nhấn là phần chóp tháp màu vàng cao vút trên nền trời, kiến trúc thường thấy trong đền chùa Nhật Bản.
Quanh khuôn viên là những chiếc đèn làm bằng gỗ và giấy có hình lục giác, thường thấy trong các lễ hội hoặc ở lối đi cổng đền chùa của Nhật Bản tại tu viện Khánh An. Xung quanh dãy hành lang, khu chánh điện, nhà tăng... cũng đều được treo nhiều loại đèn lồng. Theo các sư, vào ngày rằm, giỗ Tổ hay các khóa tu thiền... đèn lồng sẽ được thắp sáng khắp tu viện. Hàng ngày, tu viện thu hút nhiều đoàn khách tới thăm viếng, chụp hình. Ngoài ra, nhà chùa còn thường xuyên tổ chức các khóa tu, thiền nhằm đưa tinh thần phật học vào đời sống.
