Sông Hồng từ khi có kinh thành Thăng Long suốt mười thế kỷ vẫn là đường ranh giới, một bên là thành phố, một bên là vùng nông thôn ngoại thành. Thành phố không thấy có kế hoạch phát triển sang phía bờ bắc và đông sông Hồng.
Tuy nhiên, như ở trên đã trình bày, tất cả các con đường giao thông thủy bộ từ Việt Bắc, Tây Bắc và Đông Bắc xuống đều hầu như tập trung cả ở một điểm đối diện vói Hà Nội bên bờ phía nam, đó là Gia Lâm, và lối vào thành phố quan trọng nhất là cầu Long Biên có đường xe lửa và đường ô tô.
Và mặc dù quan hệ về mặt hành chính giữa hai bên bờ sông Hồng là quan hệ giữa nội thành và ngoại thành, do nhu cầu đi lại, người ngoại thành đi về hằng ngày đến chỗ làm việc, ngưòi nội thành về thăm họ hàng làng mạc, nông dân mang nông phẩm vào bán cho dân thành phố, lượng cung cấp rau cỏ hoa quả, gia cầm, ngô gạo đỗ không nhỏ, việc giao lưu quanh năm, nhất là những ngày giáp Tết thật là tấp nập.
Vì thuận tiện về mặt địa lý, những làng ven sông có chợ thì hai bên bờ đều có bến đò ngang, có bến đò lớn khá quan trọng ngày nào cũng phục vụ khách quá giang, như Chèm, Xù, Thanh Trì, Nam Dư; vì bên Đông Anh hay Gia Lâm ngang đấy có chợ và lại có đường cái lớn đi nhiều ngả.
Tập trung hơn cả vẫn là đoạn sông giáp Cửa Đông thành trì. Đời Lý-Trần có bến Đông Bộ Đầu - có tên nữa là bến Triều Đông - họ Lý quê ờ Kinh Bắc, các vua nhà Lý thường hay đi tuần về phía ấy, từ thành nội theo đường Hòe Nhai (đường trồng hòe) ra bến Triều Đông sang Bắc. Đông Bộ Đầu đời Trần là chiến trường chống quân Nguyên xâm lược vào kinh thành (1258). Đổng Bộ Đầu là một vị trí quân sự quan trọng, có đồn thủy quân.
Quân xâm lược nhà Nguyên ở phía bắc xuống thì đánh vào bến Đông Bộ Đầu (thế kỷ XIII), quân Chiêm Thành vào xâm phạm Thăng Long (thế kỷ XIV) thì đổ bộ lên bến Thái Tổ (chỗ đầu phố Nguyễn Du bây giờ, khi ấy đê theo dọc bờ sông là đường phố Bà Triệu trên).
Kháng chiến chống quân Minh, nghĩa quân Lam Sơn tiến ra Bắc, bao vây thành Đông Quan, thì đại bản doanh của Lê Lợi và Nguyễn Trãi đóng ở bến Bồ Đề, trông sang bến Chùa Móc thôn Phúc Lâm, ở chỗ chân cầu Long Biên bây giờ. Bến Chùa Mốc có lẽ đã thay cho bến Đông Bộ Đầu và thành bến qua lại chính thường dùng của quan lại và quân đội. Đến thời Hậu Lê và Tây Sơn (thế kỷ XVII-XIX), triều đình đón tiếp sứ thần nhà Thanh thì dẫn đoàn sứ bộ từ bến Áỉ Mộ qua sông sang bến Chùa Mốc theo phố xá để vào Hoàng thành và phủ chúa.
Năm 1786, Nguyễn Huệ dẫn thủy quân ra Bắc, ngược sông Nhị, phá đoàn thuyền chiến của chúa Trịnh ở bến Thúy Ái và đánh sở chỉ huy của Trịnh Khải ở bến Tây Long. Cũng thời kỳ đó, ông thày thuốc Lãn Ông từ kinh thành Thăng Long về thăm quê ở Liêu Xá (Hưng Yên) đã đáp đò ngang ở bến Tràng Tín sang Thạch Cầu để theo đường cái quan đi Yên Mỹ. Đó là những bến chính ở phía nam kinh thành.
Như vậy, kinh thành Thăng Long, cũng như thủ phủ Hà Nội nửa đầu thế kỷ XX, từ lâu đời vẫn có những bến đò ngang qua sông sang Bắc đi lại sầm uất, bến Bồ Đề trước sau vẫn là bến chính.
Khi quân Pháp gây hấn ở Hà Nội, tên lái buôn Dupuis cũng ra vào chỗ bờ sống bên dưới bến Chùa Móc, ở cửa ô Đông Hà, nó mở đường lần lượt hai lần cho những tên tướng giặc Garnier và Rivière tấn công thành trì, chỗ bến sông đó là chỗ chúng xuất phát.
Sông Hồng mặt nước sông, lũ chảy xiết, chưa có thời kỳ nào trước năm 1900 người ta dám bắc cầu cố định qua sông. Tuy nhiên, những khi cần thiết, như việc hành quân, người ta đã nghĩ đến việc bắc cầu phao vào những mùa nước cạn. Nghĩa quân Lam Son, thế kỷ XV, đã có bắc cầu phao qua sông ở bến Bồ Đề; tướng nhà Thanh Tôn Sĩ Nghị thế kỷ XVIII, dựng cầu phao ở bến Tây Long (khi chúng bại trận tháo chạy qua cầu, cầu gãy, bị roi xuống sông chết vô kể), cầu phao chỉ là phưong tiện qua sông tạm thòi.
Người Pháp chiếm Hà Nội thấy cần thiết phải bắc cầu sắt qua sông Hồng vì lúc này họ đã có kỹ thuật hiện đại; họ đã chọn chỗ bến Chùa Móc để dựng cầu sang bến Ái Mộ. Thời kỳ đầu, cầu sắt dành cho xe lửa, xe ô tô vẫn phải qua phà máy, bến ở cầu Đất.
Thời kỳ chiến tranh chống Mỹ ở Hà Nội (1965-1972), cầu Long Biên nhiều lần bị oanh tạc và bị hỏng nặng, giao thông giữa hai bên bờ sông Hồng phải dùng phà có ca nô kéo. Ta đã sử dụng lại những bến cũ: không kể bến phà Chèm và bến phà Khuyến Lưong ở hai địa đầu thành phố xa trung tâm, chỗ bờ sông Hà Nội có các bến phà Hàm Tử và Chưong Dưong (Cầu Đất), bến phà Bác cổ (ngày xưa quãng này là Bến Đá hoặc Cổ Tân ở bên ngoài cửa ô Tây Long), về mùa nước cạn, bến Khuyến Lương và Chương Dương có bắc cầu phao.
